ในเนื้อที่วิสุงคามสีมา ที่เป็นตัววัดนั้น ได้สมมุติเป็นมหาสีมา เฉพาะภายในกำแพง เว้นนอกกำแพงไว้ เป็นอุปจารสีมา และคู เพื่อกันเขตบ้าน ในที่ธรณีสงฆ์ กับมหาสีมา ที่อยู่ของพระสงฆ์ ให้ห่างกัน เฉพาะพระอุโบสถ สมมุติเป็นขัณฑสีมา มีสีมันตริก ที่ลานรอบพระอุโบสถ ภายในกำแพง จากด้านหน้าไปด้านหลัง แบ่งออกเป็น ๓ แถบ มีพระอุโบสถ พระวิหาร วิหารคต พระเจดีย์ ซึ่งเป็นเขตพุทธาวาส อยู่แถบกลาง.

     หมู่กุฎี ที่อยู่อาศัยของพระสงฆ์ ซึ่งเป็นเขตสังฆาวาส อยู่แถบข้างทั้ง ๒ แถบ ๆ ละ ๓ คณะ. ระหว่างคณะนั้น ๆ มีอุปจาร มีบริเวณเป็นระเบียบ ไม่ยัดเยียดกัน ส่วนด้านหน้าวัด มีลานกว้าง ในปัจจุบันใช้เป็นเขตโรงเรียน ด้านหลังวัด ใช้เป็นเขตฌาปนสถาน ของกองทัพบก ด้านข้าง เป็นสุสานด้านหนึ่ง เป็นถนนทางเข้าผ่านไปหลังวัดอีกด้านหนึ่ง.

     ครั้นสิ่งก่อสร้างสำเร็จลงบ้าง พอเป็นที่อาศัยจำพรรษา ของภิกษุสามเณรได้แล้ว พอถึงเดือนแปด ขึ้นเก้าค่ำ วันพฤหัสบดี พ.ศ. ๒๓๙๙ เวลาเช้า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้ทรงอาราธนา "พระอริยมุนี" (พุทธสิริเถระ ทับ ป. ๙) จากวัดราชาธิวาส พร้อมด้วยพระสงฆ์ราว ๔๐ รูป โดยขบวนแห่ทางเรือ เสด็จมาประทับที่กุฎี ทรงถวายอาหารบิณฑบาต และสมณบริขารแก่พระอริยมุนี และพระฐานานุกรม เปรียญอันดับทั้งปวง แล้วเสร็จกลับ พระเถรานุเถระทั้งปวง มีสมเด็จพระมหาสมณเจ้า กรมพระยาปวเรศวิริยาลงกรณ์ เสด็จมาประทับเป็นประธาน ณ ที่นั้น ได้ถวายดอกไม้ธูปเทียน แก่พระอริยมุนีโดยฉันทานุรักษ์ ตามธรรมเนียมขึ้นกุฎีใหม่ทุกองค์์์.

     ภายหลังทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ เลื่อนตำแหน่งพระอริยมุนี เป็นพระพรหมมุนี ในปีมะเส็ง ๒๔๐๐ ถึงรัชกาลที่ ๕ ในปีวอก ๒๔๑๕ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ เลื่อนตำแหน่งพระพรหมมุนี เป็นพระพิมลธรรม และในปีเถาะ พ.ศ. ๒๔๒๒ ทรงพระกรุณาโปรดเกล้า ฯ สถาปนาพระพิมลธรรม เป็นสมเด็จพระวันรัต.

เจ้าอาวาสองค์ที่หนึ่ง
   ในสมัยสมเด็จพระวันรัตนี้ ท่านได้ก่อสร้าง สิ่งที่ยังไม่แล้วเสร็จ ให้เสร็จบริบูรณ์ ซึ่งยังคั่งค้างอยู่ก็มี และสิ่งที่ยังไม่เคยทำเลยก็มี ท่านก็สร้างต่อ ให้บริบูรณ์ขึ้น โดยสมเด็จเจ้าพระยา บรมมหาศรีสุริยวงศ์ ได้พูดกับท่านว่า “เจ้าคุณ ฯ จะทำการวัดอย่างไรก็ตามใจ ทุนรอนจะเบิกให้” (จากพระราชมฤดกของ สมเด็จพระนางเจ้า โสมนัสวัฒนาวดี) ท่านได้อาศัยทุนของหลวงนี้ ลงมือสร้างพระวิหาร พระอุโบสถ พระเจดีย์ แล้วเสร็จบริบูรณ์.

     พระประธานในพระอุโบสถ พระนามว่า “พระสัมพุทธสิริ” หน้าตักกว้าง ๒ คืบ ๖ นิ้ว ซึ่งเป็นพระ ที่สมเด็จพระวันรัต พุทธสิริมหาเถระ ได้สร้างและอัญเชิญมา จากวัดราชาธิวาส ในคราวยกวัด ส่วนพระประธานในพระวิหาร และพระอัครสาวกทั้ง ๒ เป็นของหลวง อัญเชิญมาจากพระบรมมหาราชวัง.

     อนึ่ง ในสมัยของท่าน ท่านเป็นผู้หมั่น ขยัน และสามารถ ชักนำให้พุทธบริษัทเลื่อมใส ในพระพุทธศาสนาเป็นอันมาก และท่านสั่งสอนฝึกปรือ พระภิกษุสามเณร อันเป็นสัทธิวิหาริก และอันเตวาสิก ให้เคร่งครัดในพระธรรมวินัย ปฏิบัติเป็นแบบอย่างที่ดี. ในสมัยของท่าน วัดโสมนัสวิหาร รุ่งเรืองมาก ท่านได้ส่งพระเถรานุเถระ ไปประกาศพระศาสนา และเป็นเจ้าอาวาส ในวัดนั้น ๆ ทั้งในกรุงเทพ ฯ และหัวเมืองเป็นอันมาก ทั้งอุบาสกอุบาสิกา พากันมารักษาศีลและฟังเทศน์ก็มีมาก.

     พอถึงวันที่ ๔ พฤศจิกายน พ.ศ.๒๔๓๔ ขึ้น ๔ ค่ำ เดือน ๑๒ ปีเถาะ ตรีศก จ.ศ.๑๒๕๓ ท่านได้ถึงแก่มรณภาพ ด้วยโรคชรา รวมเวลาคลองวัดของท่าน เป็นเวลา ๓๕ ปี (๒๓๙๙ - ๒๔๓๔) นับท่านเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่หนึ่ง ของวัดโสมนัสวิหาร.

เจ้าอาวาสองค์ที่สอง
     ต่อมา พระราชพงษ์ปฏิพัทธ์(ม.ร.ว. ล้น กล้วยไม้ ป.๕) พระราชาคณะชั้นเทพ
ได้เป็นเจ้าอาวาสสืบต่อมา ความเจริญรุ่งเรืองของวัด ก็ยังคงเป็นปกติเรื่อยมา
ในสมัยนี้ พระราชพงษ์ปฏิพัทธ์ เป็นผู้มีอัธยาศัยเยือกเย็น ได้ช่วยสมเด็จ
พระมหาวีรวงศ์ แต่ครั้งยังเป็นพระราขาคณะสามัญ จนเป็นพระพิมลธรรม เป็นผู้ช่วยที่สามารถ ทำกิจการของวัดได้เจริญเป็นอันดับสืบมา.

     ครั้นวันที่ ๒๔ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๔๔๕ ท่านจึงได้ถึงแก่มรณภาพ รวมเวลาครองวัดของท่าน เป็นเวลา ๑๑ ปีเศษ (๒๔๓๔ - ๒๔๔๕) นับว่าท่านเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่สอง ของวัดโสมนัสวิหาร.

     ครั้นถึงวันที่ ๒๗ มกราคม พ.ศ.๒๔๕๙ ท่านได้เริ่มอาพาธ เป็นโรคอัมพาต กิจการของวัด ได้พระครูปลัด ซึ่งภายหลังได้เป็นพระราชาคณะ ที่พระพุทธวิริยากร เป็นผู้บริหารแทน ถึงวันที่ ๒๔ กันยายน พ.ศ. ๒๔๗๔ สมเด็จพระมหาวีรวงศ์ ได้ถึงแก่มรณภาพ นับเวลาครองวัดของท่าน เป็นเวลา ๒๘ ปีเศษ (๒๔๔๕ - ๒๔๗๔) แต่เป็นโรคอัมพาตเสียราว ๑๕ ปี นับเป็นเจ้าอาวาสองค์ที่สาม ของวัดโสมนัสวิหาร.

เจ้าอาวาสองค์ที่ห้า
   ต่อจากนั้น พระสิริปัญญามุนี (เยี่ยม ตทุตฺตสิริ) ได้เป็นผู้รักษาการ ในตำแหน่งเจ้าอาวาส เป็นลำดับมา ครั้นถึง พ.ศ. ๒๔๘๓ จึงได้รับ
พระราชทานเลื่อน เป็นพระราชาคณะสามัญ ในนามเดิม และเป็นเจ้าอาวาส ในสมัยนี้ เป็นสมัยสงคราม มหาเอเซียบูรพา การก่อสร้าง
ซ่อมแซม จึงจะชะงักไปหมด ถึงแม้มีทุนก็ทำไม่ได้ ผู้ที่จะบวชใหม่ ก็ไม่ค่อยมี ผู้ที่จะเข้ามาจากต่างจังหวัดก็น้อย ในการ จัดผลประโยชน์ของวัด ที่เกี่ยวกับไวยาวัจกร ได้จัดให้มีเป็นหลักฐาน เพื่อป้องกัน
การเสียหาย ที่จะบังเกิดมีขึ้น แก่สมบัติของวัด โดยมีกรรมการ เป็นผู้ช่วยเหลือ.

     ใน พ.ศ. ๒๔๘๕ เทศบาลนครกรุงเทพ ฯ ได้ขออนุญาต รื้อศาลาหน้าวัด ริมคลองผดุงกรุงเกษม รวม ๕ หลัง และตัดต้นไม้ ริมคลองทั้งหมด เพื่อปรับปรุงพระนคร ให้สวยงาม ศาลาและต้นไม้เดิมของวัด ที่ริมคลองจึงหายไป เทศบาลได้ทำเขื่อน และปรับปรุงริมคลองใหม่ แต่ทางวัดยังคงบอกเขตจำพรรษา ถึงคลองตามเดิม.